- il Centro il cui territorio si estende tra il mare, i Monti Pisani, lo Scolmatore dell’Arno e Pontedera (Vicariati di Pisa Nord-Est, Pisa Nord-Ovest, Pisa Sud, Piano di Pisa, Pontedera e Lungomonte e Valdiserchio)
- il Nord caratterizzato da due zone: la Versilia Nord, il cui territorio è compreso tra il mare e i monti e tra Marina di Pietrasanta e Vittoria Apuana (Vicariato della Versilia), e il Barghigiano, il cui territorio si estende tra Ponte all’Ania e San Pietro in Campo e l’Appennino Modenese (Vicariato del Barghigiano)
- il Sud il cui territorio comprende la zona di Vicarello e Collesalvetti, la striscia di Colline Pisane tra Luciana-Lorenzana e Riparbella, fino a raggiungere la porzione di litorale tra il fiume Cecina e la località Mazzanta (Vicariato delle Colline).
Il territorio diocesano è quindi suddiviso in 9 Vicariati.